@ubuntoutou
I faced with the same error:

$ libertine-container-manager destroy -i xenial
Libertine.py:124: ERROR: _delete_rootfs(): [Errno 13] Permission denied: 'dev'

I logged in on phone via ssh and execute following commands:

phablet@ubuntu-phablet:~$ ll ~/.cache/libertine-container/xenial/rootfs/
total 36
drwxr-xr-x 9 phablet phablet 4096 Feb 28 05:57 ./
drwxr-xr-x 3 phablet phablet 4096 Jan 30 04:57 ../
drwxr-xr-x 2 phablet phablet 4096 Feb 28 05:15 (??/
drwx--x--x 2 phablet phablet 4096 Feb 28 05:15 able/
d--------- 2 phablet phablet 4096 Jan 30 08:06 dev/
drwxr-xr-x 2 phablet phablet 4096 Feb 28 05:15 ?kҶ/
drwxr-xr-x 2 phablet phablet 4096 Feb 28 05:15 ?p⾛+,??G??D?Ӷ/
drwxr-xr-x 2 phablet phablet 4096 Feb 28 05:15 R??/
drwxr-xr-x 2 phablet phablet 4096 Feb 28 05:15 S??????????????/
phablet@ubuntu-phablet:~$ rm -rf ~/.cache/libertine-container/xenial/rootfs/
phablet@ubuntu-phablet:~$ libertine-container-manager destroy -i xenial
phablet@ubuntu-phablet:~$

There is no error after destroying container,
but, surprisingly, user-directory still existed.
So, I deleted it also:

phablet@ubuntu-phablet:~$ ll ~/.local/share/libertine-container/user-data/xenial/
total 84
drwxrwxr-x 17 phablet phablet 4096 Feb 27 14:40 ./
drwxrwxr-x  3 phablet phablet 4096 Jan 30 06:35 ../
-rw-------  1 phablet phablet  984 Feb 28 05:16 .bash_history
drwxrwxr-x  8 phablet phablet 4096 Feb 15 11:28 .cache/
-rw-rw-r--  1 phablet phablet  418 Feb 28 05:18 .chromium-bsu
drwxrwxr-x  9 phablet phablet 4096 Feb 15 11:27 .config/
d---------  2 phablet phablet 4096 Jan 30 08:06 Documents/
d---------  2 phablet phablet 4096 Jan 30 08:06 Downloads/
drwxrwxr-x  2 phablet phablet 4096 Jan 31 04:50 .freegish/
drwx------  3 phablet phablet 4096 Jan 31 19:51 .gnome2/
drwx------  2 phablet phablet 4096 Jan 31 19:51 .gnome2_private/
drwxr-xr-x  3 phablet phablet 4096 Jan 30 16:05 .local/
drwx------  3 phablet phablet 4096 Jan 30 16:44 .mozilla/
drwxrwxr-x  2 phablet phablet 4096 Jan 31 04:53 .mu-cade/
d---------  2 phablet phablet 4096 Jan 30 08:06 Music/
drwxr-xr-x  3 phablet phablet 4096 Jan 30 07:59 .numptyphysics/
d---------  2 phablet phablet 4096 Jan 30 08:06 Pictures/
drwxrwxr-x  2 phablet phablet 4096 Feb 27 14:40 shared/
d---------  2 phablet phablet 4096 Jan 30 08:06 Videos/
-rw-------  1 phablet phablet 1124 Feb 19 01:51 .viminfo
-rw-rw-r--  1 phablet phablet   12 Jan 30 16:11 .Xdefaults
phablet@ubuntu-phablet:~$ rm -rf ~/.local/share/libertine-container/user-data/xenial/
phablet@ubuntu-phablet:~$