Ich kann mich dem nur anschließen, apt sollte man bei den ARM-basierten Geräten lassen oder eben nur gezielt einsetzen. Dein benutztes apt update ist unkritisch, aber das anschließende upgrade -y kann auch schnell mal nach hinten losgehen. Aber gut, wenn du jetzt das Upgrade via Systemeinstellungen hinbekommen hast, sollte ja alles wieder passen.